Rを使用してカプランマイヤー曲線を作成する際、Risk table（リスクテーブル）においてx軸が0から始まらず、特定の時間点（day 50, day 100, day 150など）から始まってしまう場合があります。このような場合、Risk tableのx軸を調整し、day 0の時点のnumber at riskを表示する方法を理解することが重要です。この記事では、ggsurvplot関数を用いたカプランマイヤー曲線の作成と、Risk tableのx軸を指定する方法について解説します。
カプランマイヤー曲線とRisk Tableの基本
カプランマイヤー曲線は、生存分析において最も一般的に使用されるグラフの一つで、時間経過に伴うイベント発生の確率を示します。特に医療データなどで生存率を視覚化する際に使われます。
Risk table（リスクテーブル）は、各時間点における「リスク群」の人数（number at risk）を表示する表で、カプランマイヤー曲線と組み合わせて表示されることが多いです。この表を使うことで、時間ごとの生存率やリスクの変化をより詳細に把握することができます。
ggsurvplot関数でカプランマイヤー曲線を作成
カプランマイヤー曲線とRisk tableを作成するために、`ggsurvplot()`関数を使用します。以下のコードは、基本的なカプランマイヤー曲線とRisk tableを表示するものです。
ggsurvplot(KM, data = x, risk.table = TRUE, risk.table.col = 'strata', pval = TRUE, ggtheme = theme_bw(), tables.theme = theme_cleantable() + theme(panel.grid = element_blank()))このコードでは、`risk.table = TRUE`とすることで、カプランマイヤー曲線にリスクテーブルを表示しています。`risk.table.col = ‘strata’`は、ストラタムごとにリスクテーブルの色を設定するオプションです。
Risk Tableのx軸を0から表示する方法
カプランマイヤー曲線のRisk tableでx軸を0から表示させるには、`ggsurvplot()`の引数で`risk.table.xaxis = TRUE`を指定します。このオプションを使うと、x軸が0から開始され、day 0の時点でのリスク数（number at risk）も表示されるようになります。
ggsurvplot(KM, data = x, risk.table = TRUE, risk.table.col = 'strata', pval = TRUE, ggtheme = theme_bw(), tables.theme = theme_cleantable() + theme(panel.grid = element_blank()), risk.table.xaxis = TRUE)これにより、Risk tableのx軸が適切に0から始まり、day 0のデータも表示されます。
Risk Tableにおけるデータの確認と調整
ggsurvplotでRisk tableを表示する際、x軸の調整だけでなく、表示されるリスク数（number at risk）が正確であるか確認することも重要です。特に、データに欠損値が含まれている場合、リスク数が意図した通りに表示されないことがあります。
データの前処理を行い、欠損値がない状態で`ggsurvplot()`を実行することをおすすめします。また、リスクテーブルの外観や内容は、`tables.theme`でカスタマイズが可能です。
まとめ
カプランマイヤー曲線とRisk tableを表示する際に、x軸が0から始まらない場合は、`risk.table.xaxis = TRUE`オプションを使用することで解決できます。この方法を用いることで、day 0のnumber at riskが正確に表示されるようになります。
生存分析を行う際に、適切なグラフとテーブルを表示することは重要です。Rでのカプランマイヤー曲線作成とRisk table表示を行う際には、これらの方法を覚えておきましょう。
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